住宅ローンが残っている場合、通常は不動産全体に抵当権が設定されています。
ローン完済までは当該不動産の売却は禁止されているのが一般的と思いますので、残債がある場合は持ち分のみの売却は難しいと思われます。
離婚時に共有名義の住宅ローンが残っている場合は、ますは共有名義を解消する方向で動くことをおすすめします。